Лечение заболевания зависит от его стадии и индивидуальных особенностей организма. В начале болезни применяется введение искусственных слез без консервантов. Для предотвращения развития язв роговицы и ускорения заживления эпителиальных поражений назначаются местные антибиотики.
При наиболее тяжелых формах болезни возможно применение хирургического лечения — тарзорафия, то есть временное или постоянное закрытие век с помощью наложения швов или инъекции ботулотоксина.
Ещё один вариант лечения — трансплантация амниотической мембраны. Другие подходы, используемые при тяжелых формах нейротрофического кератита, включают введение глазных капель аутологичной сыворотки.
Новейший препарат для лечения нейротрофического кератита — ценегермин, рекомбинантная форма человеческого фактора роста нервов (NGF), был одобрен FDA в августе 2018 года.